நயினாதீவுக் கிராமத்தின் வடபகுதியிலிருந்த தில்லையம்பல வித்தியாலயத்துக்கு தென் பகுதி மாணவர்கள் வெகுதூரம் நடந்து வரவேண்டியிருந்ததாலும் தில்லையம்பல வித்தியாலயத்தின் மாணவர் தொகை அதிகரித்ததாலும் தென் பகுதிப் பெற்றோரின் பெரு முயற்சியால் 1929இல் உருவாக்கப்பட்டதே கணேச வித்தியாசாலையாகும். நாகமணிப் புலவராலும் அவரது சகோதரர்களாலும் உவந்தளிக்கப்பட்ட பெருநிலப் பரப்பிலே இப்பாடசாலை உதயமாயிற்று. திரு.இ.கணபதிப்பிள்ளை அவர்களும் வடபால் உள்ள நிலத்தை நன்கொடையாகக் கொடுத்துள்ளார். பெரியார் ப. இராமசந்திரன் அவர்கள் தனது சொந்த வளங்களையே பயன்படுத்தி பாடசாலை உருவாக முன்னின்றுழைத்தார். உள்ளூர் ஆசிரியர்களே ஆரம்பத்தில் பணியாற்றினர். குறுகிய காலத்தில் அதாவது 1929இல் சைவ வித்தியாவிருத்திச் சங்கத்திடம் பாடசாலை ஒப்படைக்கப்பட்டது. முதல் அதிபராக வேலணை க.செல்லையா உபாத்தியாயர் நியமனம் பெற்றார். 1932ஆம் ஆண்டு வரை ஐந்தாம் வகுப்பு ஈறாகக் கற்கும் ஓர் ஆரம்பப் பாடசாலையாக இயங்கியது. 1933ஆம் ஆண்டு புங்குடுதீவு திரு.வி.செல்லையா என்பவர் தலைமை ஆசிரியராகப் பொறுப்பேற்றார். தற்காலிகமான கொட்டிலாக இருந்த பாடசாலையை பெற்றோர் மாணவர் களின் உதவியுடன் 1600 ச.அடி கொங்கிறீற் கட்டடம் அமைக்கப் பெற்றது. அதிபரின் பெரு முயற்சியால் வருடம் ஒவ்வொரு வகுப்பாக உயர்ந்து 1936இல் 8ஆம் வகுப்பு வரை படிக்கும் ஒரு கனிஷ்ட வித்தியாலயமாகிற்று. 1938இல் இவர் மாற்றலாகிச்சென்றார். இன்றும் இவர் பணியை கிராமத்துப் பெரியோர்கள் நினைவு கூருகின்றனர். இவரின் பின் இடைக்காடு ஞா.சுப்பிரமணியம் என்பவர் 1940இல் தலைமையாசிரியரானார். வகுப்புகள் சி.பா.த.வகுப்பு வரை உயர்த்தப்பட்டது. அவ்வருடம் பரீட்சைக்கு தோற்றிய 9 மாணவர்களில் 8பேர் சித்தியடைந்து பாடசாலைக்கு பெருமை சேர்த்தனர். சில ஆண்டுகள் நயினாதீவின் சிரேஷ்ட பாடசாலை வரை வகுப்புகள் உள்ள ஒரே வித்தியாலயமாக விளங்கியது.
1945இல் எழுவைதீவு திரு.ந.பசுபதிப்பிள்ளை அவர்கள் தலைமை ஆசிரிய ரானார். இவ்வாண்டிலேயே இலவசக் கல்வி முறை அறிமுகமானது. நயினாதீவு ஆங்கிலப் பாடசாலையின் உதயத்துடன் இங்கு வகுப்புக்கள் 5 வரையாகக் குறைக் கப்பட்டது. 1949ஆம் ஆண்டு திரு.வி.இராமசாமி அவர்கள் தலைமை ஆசிரியரானார். 5ஆம் தரப் புலமைப்பரிசில் பரீட்சையில் மாணவர்கள் சிறந்த பெறுபேறுகளைப் பெற்றனர். 1952இல் புலமைப் பரிசில் பரீட்சையில் 9 மாணவர்கள் சித்தியடைந்தனர். 1952 – 1956 வரை பெரிய உபாத்தியாயர் என்று எல்லோராலும் மதிப்புடன் அழைக்கப்படும் நயினை திரு.ச.நா.கந்தையா அவர்கள் அதிபரானார். இவரே நயினை ஆசிரியர் அனைவருக்கும் எழுத்தறிவித்த குருவாக விளங்கியவர். 1956 -1970 ஆண்டு வரை திரு.செ.தில்லையம்பலம் அவர்கள் அதிபராகச் சிறந்த சேவை யாற்றியுள்ளார். 1960இல் பாடசாலையை அரசு பொறுப்பேற்றது. உள்ளூர் ஆசிரியர்களின் சேவை மாணவர்களுக்குக் கிட்டியது. மாணவரிடம் கல்வியையும் ஒழுக்கத்தையும் இரு கண் போல் வளர்த்தெடுத்தனர்.

1970 தொடக்கம் 1978 வரை சிறந்த நிர்வாகியான நயினை திரு.த.தியாகராஜா அவர்கள் அதிபரானார். 1972இன் மத்தியில் பாடசாலை புனரமைப்புச் செய்யப்பட்டது. 1972ஆம் ஆண்டு இது ஓர் கனிஷ்ட மகாவித்தியாலயமாகத் தரமுயர்த்தப்பட்டது. இதற்கு முன்னின்று உழைத்தவர்களில் குறிப்பிடத்தக்கவர் பின்னாளில் வித்தியாலயத்தில் அதிபராக இருந்தவராகிய பா.அ.ச. செயலாளர் திரு.கு.சாந்திலிங்கம் அதிபர் அவர்கள். அதிபர், பெற்றோர், ஆசிரியர்களின் முயற்சியால் பல கட்டடங்கள் ஆய்வு கூடங்கள் என்பன அமைக்கப்பட்டதுடன் பாடசாலையில் வர்த்தகப் பாடப்பிரிவும் உதயமாயிற்று. அக்காலத்தில் ஒன்றிணைந்த பாடத்திட்டம் செயற்பட்டது. வகுப்புக்கள் தரம் 10 வரை உயர்ந்தது. தே.க.பொ.த பரீட்சைக்குத் தோற்றி சிறப்பான தேர்ச்சிகளை மாணவர் பெற்றனர்.
1978 தொடக்கம் திரு.க.சி.தருமலிங்கம் அவர்கள் அதிபரானார். இவர் காலத்தில் வள்ளல் திரு.மு.இ.அம்பலவாணர் அவர்களால் அவர் பெயரில் ஒரு நூலகம் அமைக்கப்பட்டது. புதிய கட்டடங்கள் இரண்டு கல்வித்திணைக்களத்தால் கட்டப்பட்டது. 1983இல் – 1986 வித்துவான் ப.க.காமாட்சிசுந்தரம் அவர்கள் அதிப ரானார். பாடசாலை பல துறைகளிலும் முன்னேற்றம் கண்டது. பாடசாலை முன்பக்க மதில் வே.க.த.தம்பிமுத்து அவர்களால் அமைத்துக் கொடுக்கப்பட்டது. 1987 – 1993 வரை மேற்கூறிய அதிபர்களின் காலத்தில் பிரதி அதிபராக பாடசாலையின் உயர்ச்சிக்குத் தன்னை அர்ப்பணித்த திரு.கு.சாந்தலிங்கம் அவர்கள் அதிபரானார். அவரது காலத்தில் தரம் 5 புலமைப்பரிசில் பரீட்சை க.பொ.த.(சா.த) பரீட்சை என்பவற்றில் சிறந்த பெறுபேறுகள் பாடசாலைக்கு கிடைத்தது. பாடசாலையின் முன்புறக்காணி விளையாட்டு மைதானமாக் குவதற்கு எடுக்கப்பட்ட முயற்சியால் பல அன்பர்கள் மைதானத்திற்குரிய நிலத்தை நன்கொடையாக வழங்கினார். தொண்டர் திரு.வி.சபாநாதன் ஒரு பகுதிக் காணியை விலையாக வாங்கி பாடசாலைக்கு அன்பளிப்புச் செய்தார். இவ்வாறு பாடசாலை விளையாட்டு மைதானம் பெறப்பட்டது. கணேச சனசமூக நிலையப் பாலர் பாடசாலைக்கு அருகிலுள்ள தனது காணியை திரு.க.பாராஜசிங்கம் பாடசாலைக்கு அன்பளிப்பாக வழங்கியுள்ளார். இக்காலத்தில் சுமார் 700இற்கு மேற்பட்ட மாணவர்கள் வரை கல்விகற்று வந்தனர். இவ்வித்தியாலயத்தில் நற்சேவையாற்றிய ஆசிரியப் பெருந்தகைகள் மாணவர்களால் என்றும் போற்றப்படுகின்றனர். திருவாளர்கள் நா.கணபதிப்பிள்ளை, வே.கந்தையா, க.பரநிருபசிங்கம், வே.தம்பிப்பிள்ளை, க.சோமசுந்தரம், பண்டிதர் சோமசுந்தரம், சு.சங்கரலிங்கம், சோ.தில்லைநாதன், இ.சிவபாதசேகரம், இ.கனகசபாபதி, வி.உதயகுமாரன், இ.திரவியநாதன், திருமதிகள் பா.உருக்குமணி, வீ.பரமேஸ்வரி, ந.பேரின்பநாயகி, து.சவுந்தலாதேவி, ந.சியாமளா ஆகியோர் இங்கு கற்பித்த நூற்றுக்கணக்கான நல்லாசிரியர்களில் சிலர். தரமுயர்த்தப்பட்ட கணேச வித்தியாலயத்தின் கல்வி வளர்ச்சி 70 – 80களில் வீறுநடை போட்டது எனலாம். திரு.கு.சாந்தலிங்கம் அவர்கள் ஓய்வுபெற நயினையின் முதற் பெண்ணதிபராக திருமதி தவமணி சபாநாதன் அவர்கள் (1993 – 1998) பதவி வகித்தார். இக்காலத்திலும் சகல பரீட்சைகளிலும், இணைப்பாட விதானச் செயற்பாடுகளிலும் மாணவர்கள் சிறந்த பெறுபேறுகளைப் பெற்றனர். இவரின் பின் திரு.ப.க.ஞானசுந்தரம் (1998 – 2000) அவர்கள் அதிபரானார். அனைவரையும் அன்போடு அரவணைத்து பாடசாலையின் உயர்ச்சிக்காக உழைத்துக் கொண்டிருந்த வேளையில் அவர் இறைவனடி சேர்ந்தது அனைவரையும் சோகத்தில் ஆழ்த்திய நிகழ்வாகும். இவரின் பின் திரு.த. இலங்கைநாதன் அவர்கள் (2000) அதிபரானார். இவர்களிருவரது காலத்திலும் ‘ஞான கணபதி’ செயற்பாட்டறை அமைக்கப் பட்டு திறந்து வைக்கப்பட்டது. கல்வி, விளையாட்டு, கலைத்திறன் எனச்சகல துறைகளிலும் மாணவர்கள் சிறந்த பெறுபேறுகளை தொடர்ந்து பெறுகின்றனர். 01.11.2000 முதல் திரு.க.கணேஸ்வரன் அதிபரானார். பாடசாலையின் வடக்கு மேற்கு மதில்கள் பழைய மாணவர் திரு.க.கேதீஸ்வரனாலும் தெற்கு மதில் திரு.அம்பலவாணர் சர்வானந்தராசா அவர்களாலும் கட்டுவித்துக் கொடுக்கப்பட்டது. பாடசாலையின் தென் கிழக்குக் காணி கொழும்பு நயினாதீவு சமூக பொருளாதார, கல்விகலாசார அபிவிருத்திச் சங்கத்தால் அன்பளிப்புச் செய்யப்பட்டுள்ளது.

2007ஆம் ஆண்டு முதல் திரு.தி.சிவபாலன் அவர்கள் அதிபராகப் பொறுப்பேற்றுச் சிறப்பாக நடத்தி வருகின்றார். உபஅதிபர் திரு.க.ஜீவசீலன் மற்றும் உள்ளூர் வெளியூர் ஆசிரியர்களின் அர்ப்பணிப்பான சேவையால் கணேச வித்தியாலயம் தன்பணியை செவ்வனே தொடர்கின்றது.