1938ஆம் ஆண்டு தில்லையம்பல வித்தியாலயம் ஸ்ரீ நாகபூஷணி வித்தியாலயமாக பெயர் மாற்றம் செய்து பதிவு செய்யப்பட்டது. உள்ளூர் ஆசிரியர்கள் திருவாளர்கள் வே.கந்தையா, செ.தில்லையம்பலம், செல்வி. சீதேவிப்பிள்ளை ஆகியோர் உதவி ஆசிரியர்களாக நியமனம் பெற்றனர். மாணவர் தொகை அதிகரிக்கவே ஆசிரியர்கள் பெற்றோர்கள், நலம் விரும்பிகள் முயற்சியால் தற்போது வித்தியாலயம் அமைந்துள்ள காணி கொள்வனவு செய்து உறுதியான கட்டடம் அமைக்கப்பட்டு 1941ஆம் வருடம் இயங்கத் தொடங்கியது.
ஏறத்தாள ஒரு கால் நூற்றாண்டுக்கு முன் ஆசிரியர்களாக உதித்த அனைவருமே அதிபர் உயர் திரு.ச.நா.கந்தையா அவர்களின் மாணவர்களே. நயினைத்தீவின் கல்வி வளர்ச்சியில் அவர் ஓர் கலங்கரை விளக்கு எனலாம். பல ஆண்டுகள் அதிபராகப் பணியாற்றிய இவர் காலத்தில் வித்துவான்கள், பண்டிதர்கள், சைவப் புலவர்கள், பேரறிஞர்கள் உருவானார்கள். அவர்கள் இன்று நம்மிடையே இல்லாதவிடத்தும் அவர்கள் வளர்த்துவிட்ட விழுதுகள் எம் தீவகத்தின் கல்வி விருட்சத்தை தாங்கி நிற்கின்றனர்.
1942ஆம் வருடமே சி.பா.த பரீட்சைக்கு இவ்வித்தியாலய மாணவர் தோற்றினர். நயினாதீவு மக்களின் கல்விக் கண்ணை திறந்து விட்ட பெருமை ஸ்ரீ நாக பூஷணி வித்தியாலயத்துக்கு உரியது. 1946இல் நயினாதீவின் கனிஷ்ட ஆங்கிலப் பாடசாலை உதயத்துடன் இவ்வித்தியாலயத்துக்கு வகுப்புகள் படிப்படியாகக் குறைந்து 5ஆம் வகுப்பு வரை நடத்தப்படலாயிற்று. 1960இல் இப் பாடசாலையை அரசு பொறுப்பேற்றது. இவ்வித்தியாலயத்தின் வளர்ச்சிக்காக அதிபர்களான திருவாளர்கள் ச.ந.கந்தையா (1938-1951), (1956-1961) எஸ்.பொன்னுத்துரை (1952-1955) கே.கணபதிப்பிள்ளை, செ.ஐயாத்துரை (1961- 1970) க.சி.தருமலிங்கம் (1971-1972), நா.விசுவலிங்கம் (1972-1978), நா. கந்தசாமி (1978-1983), தா.பாலசிங்கம் (1983-1986), நா.பத்மநாதன்(1986-1990), சி.வை.சபாரத்தினம் (1991-1997) ஆகியோர் நற்சேவையாற்றியுள்ளர்.
பண்டிதர் நா.கந்தசாமி அவர்கள் அதிபராக இருந்த வேளை பாடசாலைச் சுற்றாடலை ஓர் அழகிய சோலையாக்கியுள்ளார். சி.வை.சபாரத்தினம் அதிபராக இருந்தபொழுது பாடசாலையின் மேற்குப் புறமான காணி அன்பர் க.மாணிக்கம் அவர்களிடமிருந்து இரண்டு பரப்பு அன்பளிப்பாகவும் மிகுதிக் காணி பெற்றோர் நலன் விரும்பிகளின் ஒத்துழைப்புடனும் வாங்கப்பட்டது.
திருவாளர்கள் க.கிருஷ்ணசாமி, வி.தனி நாயகம் திருமதிகள் க.பாலசிங்கம், ப.அகிலாண்டேஸ்வரி என்போர் இவ்வித்தி யாலயத்தில் கற்பித்த நல்லாசிரியர்களில் சிலர்.
13-10-1997ஆம் ஆண்டு முதல் அதிபர் திரு.சோ.குகனேசன் அவர்கள் சிறந்த முறையில் பாடசாலையை வழிநடத்தி வந்தார். 03-05-2010 முதல் இவர் நயினாதீவு மகா வித்தியாலய அதிபராகவும் திரு.சொ.பகீரதன் அதிபர் ஸ்ரீ நாகபூஷணி வித்தியாலயத்துக்கு அதிபராகவும் கடமையேற்றுள்ளனர்.
பாடசாலையின் பௌதீக வளங்கள் நிறைவு செய்யப்பட்டுள்ளதுடன் சுற்றுமதில் திணைக்களத்தினதும், சுவிஸ் நயினை அபிவிருத்திக் கழகத்தின் உதவியுடனும் அமைக்கப்பட்டுள்ளது. தொடர்ந்து தரம் 5 புலமைப்பரிசில் பரீட்சையில் மாணவர்கள் சித்தியடைந்து வருவதுடன் சிறப்பாக கற்பித்தல், கற்றல் செயற்பாடுகள் நடை பெறுகின்றன.