நயினைக் கல்வியின் இரு கண் போல இயங்கிய பாடசாலைகளுக்கும் மேலாக ஒரு நெற்றிக்கண் போல் அமைந்ததே நயினையின் தற்போதைய மகாவித்தியாலயம். இது 1946இல் தோற்றம் பெற்றது. ஸ்ரீ நாகபூஷணி அம்பிகையின் ஆலயத்திற்கு தென்புறமாக இருந்த ஒரு மடாலயமே இதன் தோற்றிடம்.
இலவசக் கல்வியின் தந்தை என வர்ணிக்கப்படும் அக்காலத்துக் கல்வியமைச்சர் ஊ.று.று.கன்னங்கராவால் இலங்கை எங்கணும் ஆங்கிலப் பாடசாலைகளை உருவாக்க வேண்டும் என்ற திட்டத்தின்படி நயினையின் இப்பாடசாலை கனிஷ்ட ஆங்கிலப் பாடசாலையாக உருவாக்கம் பெற்றது. இதனால் வசதி படைத்த ஒரு வகுப்பினருக்கு மட்டுப்படுத்தப்பட்ட ஆங்கிலக் கல்வி சகலருக்கும் கிடைக்க வழியுண்டாயிற்று. மடாலயத்தில் ஆரம்பமான பாடசாலையை 1947இல் நிரந்தர இடமான வட்டுக்கோட்டை திருச்சபையினரின் காணியில் அமைப் பதற்கு முன்னின்று உழைத்தவர்கள் திரு.த.அமிர்தலிங்கம் அவர்களும் (முன்னாள் கிராமத் தலைவர்) ஆ.நாகலிங்கம் அவர்களும் ஆகும். அக்காலச் சபாநாயகர் சேர் வை.துரைசாமி அவர்களின் உதவியுடன் உயரிய இந்நற்கருமத்தை ஆற்றியமைக்காக என்றும்நயினை மக்கள் இவர்களுக்கு நன்றியுடையவர் களாவார்கள்.
கனிஷ்ட ஆங்கில பாடசாலையின் முதல் அதிபராக எஸ்.அரசன் அவர்கள் 17-01-46இல் பதவியேற்றார். எனினும் ஒரு மாதத்தில் வித்தியாதரிசியாக பதவியுர்வு பெற்று அவர் செல்ல, கரவெட்டியைச் சேர்ந்த உயர் திரு.எஸ்.கந்தப்பு அவர்கள் 12.02.46இல் அதிபரானார். சரவணையூர் அ.அருளானந்த சிவம், செல்வி லீலாவதி முத்துச்சாமி என்போர் உதவி ஆசிரியர்களாக நியமனம் பெற்றனர். புதிய அதிபரின் வருகையுடன் பாடசாலை தளிர் விடத் தொடங்கியது. பல்வேறு துறைகளிலும் தகுதிபெற்ற ஆசிரியர்கள் நியமனம் பெற்றனர். புதிய நிரந்தரக் கட்டடங்களும் ஆய்வுக்கூடங்களும் விளையாட்டு மைதானமும் அமைக்கப்பட்டு பாடசாலை வனப்புப் பெற்றது. வகுப்புக்களும் பொதுச் சாதாரண வகுப்புவரை இடம் பெற்றது. சாதாரண தரத்தில் கலை, வர்த்தக, விஞ்ஞானப் பிரிவுகள் செழிக்கத் தொடங்கின. நீண்ட காலம் அதிபராக இருந்த எஸ். கந்தப்பு அவர்களின் (12.02.46 — 22.12.53) காலத்தில் மாணவர் தொகை ஆசிரியர் தொகை அதிகரித்ததுடன் பௌதீக வளத்தையும் பெற்று சிறந்த கல்விக்கு வழி சமைத்தார். இவர் தன் சேவையால் நயினைக் கல்வி வளர்ச்சியில் மக்களால் என்றும் போற்றுதற்குரியவராவார். இவரின் பின் காரைநகர் வி.சண்முகம் (1953 – 03- 05-1956) அவர்களும், திரு.ரீ.கனகரத்தினம் (05.10.59 – 28.02.1966) அவர்களும், திரு.கே.சபா ஆனந்தர் (04.07.1966 – 06.12-1970) அவர்களும் அதிபர்களாக இருந்த காலங்களில் மகா வித்தியாலயத்தின் கல்வி நிலை மேம்பட்டு வந்தது. இல்லறஞானி இராமச்சந்திரா குடும்பத்தினரால் பாடசாலைக்கு நூலகம் ஒன்றும் அமைக்கப்பட்டது. இவர்களின் பின் நயினை மைந்தர் திரு.வே.விசுவலிங்கம் அவர்கள் 01.01.1971இல் இருந்து 12.07.1978 வரை அதிபராக இருந்தார்கள். இவரது காலத்தில் விஞ்ஞானம், வர்த்தகப் பிரிவுகளும் க.பொ.த.(உ.த) வகுப்பில் அறிமுகம் செய்யப்பட்டது. வர்த்தகப் பிரிவில் மாணவர்கள் அகில இலங்கை ரீதியாகவும் சிறந்த பெறுபேறுகளைப் பெற்றனர். சிறந்த நிர்வாகியாகிய வே.விசுவலிங்கம் அதிபர் காலத்தில் மகாவித்தியாலய கல்விநிலை உச்ச நிலையில் இருந்தது. நயினை மண்ணில் பிறந்து கல்விப் பணிக்காக ஊரிலேயே வாழ்ந்து அரும்பணியாற்றிய நல்லாசிரியர்களை மறப்பதற்கில்லை. திருவாளர்கள் வித்துவான் சி.குமாரசாமி, வித்துவான் ப.க.குகதாசன், ஐ.சரவணபவன், க.நாகேஸ்வரன், சி.நடேசபிள்ளை, பொ.நாகமணி, சி.இரத்தினசபாபதி, வே.பூபாலசுந்தரம், க. உருத்திரகுமாரன், திருமதிகள் பண்டிதை பா.புனிதவதி, லெட்சுமி பரராசசிங்கம், செல்விகள் க.சிவானந்தி, ந.இரத்தினேஸ்வரி, மு.இ.ஜெயலட்சுமி, திருமதி தி.யோகலெட்சுமி இவர்களுடன் நூற்றுக்கணக்கான வெளியூர், உள்ளூர் ஆசிரியர்கள் சிறந்த சேவை யாற்றியுள்ளனர்.
அதிபர் வே.விசுவலிங்கம் அவர்கள் ஓய்வு பெற நயினைக் கவிஞர் நா.க.சண்முகநாத பிள்ளை 18.07.1978இல் அதிபரானார். கலைப் பணிக்கு அவரோர் வற்றாத அருவி. அன்பால் அணைத்து கல்வியை வளர்த்தவர் விளையாட்டு மைதானத்தின் தென்புறக் காணிகள் பெறப்பட்டன. 1980இல் பாடசாலையின் வடக்கு மேற்கு மதில்கள் பழைய மாணவர்களின் உதவியுடன் அமைக்கப்பட்டது. 1988இல் நயினாதீவு, அனலைதீவு, எழுவை தீவு பாடசாலைகள் எட்டையும் ஒன்றிணைத்த கொத்தணிப் பாடசாலை முறைமை நடைமுறைக்கு வந்தது. நயினாதீவு மகாவித்தியாலயமே அதன் ஆதாரப் பாடசாலையாக இருந்தது. கொத்தணிப் பாடசாலை அதிபராகவும் திரு.நா.க.சண்முகநாதபிள்ளையே கடமையாற்றினார். 1990இல் அவர் வேலணைக் கோட்டப் பணிமனைக்கு உ.க.பணிப்பாளராக பதவி உயர்வு பெற்றுச் செல்ல திரு.சோ.தில்லைநாதன் அவர்கள் 16.10.1990 முதல் நயினாதீவு மகாவித்தியாலய அதிபராகவும், கொத்தணிப் பாடசாலைகளின் அதிபராகவும் கடமையேற்றார். மகாவித்தியாலயத்தின் மேல்மாடிக் கூரை வேலைகள் ஊர் மக்களின் ஒத்துழைப் புடன் பூர்த்திசெய்து உபயோகத்திற்கு உகந்ததாக்கப்பட்டது. விளையாட்டு மைதானத்தின் வட கிழக்குப் பக்கமான காணி திரு.க.மாணிக்கம் அவர்களிட மிருந்து அன்பளிப்பாகப் பெறப்பட்டு மைதானம் விஸ்தரிக்கப்பட்டது. 1991 முதல் 1995 வரை யுத்தச் சூழ்நிலையில் தீகங்கள் யாழ் நிலப்பரப்புடனான தொடர்புகள் துண்டிக்கப்பட்டன. இதனால் யாழ் கல்வித் திணைக்களத்துடனான தொடர்புகளும் அற்றுப்போய் ஓர் இக்கட்டான காலகட்டமாக அமைந்தது. திருகோணமலையிலுள்ள மாகாணக் கல்வித் திணைக்களத்துடனும் கொழும்பு கல்வி அமைச்சினுடனும், நெடுந்தீவு கோட்டக்கல்வி அலுவலகத்துடனும் கடற்படையின் உதவியுடன் உயிர் அச்சுறுத்தலான கடல், விமானப் பயணங் களை மேற்கொண்டு பாடசாலையின் அத்தியாவசியத் தேவைகள் (பாட நூல்கள், சீருடை, ஆசிரியர் வேதனம்) அனைத்தும் பெறப்பட்டன. க.பொ.த(சாஃத), க.பொ.த(உஃத), தரம் 5 புலமைப்பரிசில் பரீட்சை என்பனவற்றையும் தீவகத்தின் கல்வி நிலை தொய்வுபடாது நடத்தப்பட்டது. இக்காலத்திலேயே நயினாதீவுப் பாடசாலை ஆசிரியர்களுக்கு இதுவரை கிடையாதிருந்த கஸ்ரப் பிரதேசப்படியும் கிடைக்க ஆவன செய்யப்பட்டது. நெடுந்தீவுக் கோட்டக் கல்வி பணிப்பாளர் திரு.இரா.சின்னத்தம்பி அவர்களின் பெரு முயற்சியால் தேசிய கல்வி நிறுவனத்தின் கிளை ஒன்று நயினாதீவு மகாவித்தியாலயத்தில் நிறுவப்பட்டது. சிரேஷ்ட விரிவுரையாளராக திரு.சோ.தில்லைநாதன் அவர்கள் பொறுப்பேற்று நடத்தினார். ஓய்வு பெற்ற வட்டாரக் கல்வி அதிகாரி வித்துவான் க.குகதாசன் அவர்கள் செல்வி சிவானந்தி கதிரேசு என்போர் விரிவுரையாளராகக் கடமையாற்றினர். பல பட்டதாரி ஆசிரியர்கள் தமது பட்டப்பின் கல்வி டிப்ளோமாக் கற்கையை இந்நிலையத்தின் ஊடாக நிறைவு செய்தனர். 1995இல் யாழ் பெரு நிலப்பரப்புடன் தொடர்புகள் ஏற்பட இந்நிலையம் மூடப்பட்டது. நெருக்கமான மேற்பார்வையும் கட்டமைப்பானதுமான கொத்தணிப் பாடசாலை முறை 1994இல் நீக்கப்பட்டது. தற்போது வேலணைக் கல்விக் கோட்டத்தினதும் தீவகக் கல்வி வலயத்தினதும் மேற்பார்வையில் எமது கிராமத்து பாடசாலைகளின் நிர்வாகம் நடைபெறுகின்றது. 24.11.1996இல் திரு.சோ.தில்லைநாதன் கோட்டக் கல்வி பணிப்பாளராக பதவி உயர்வு பெற்றுச் சென்றார்.
1978ஆம் ஆண்டிலிருந்து 2010ஆம் ஆண்டு வரை க.பொ.த உயர்தரப் பரீட்சைக்கு தோற்றியோரில் 1031 மாணவர்கள் சித்தியடைந்துள்ளனர். அவர்களில் 71 மாணவர்கள் பல்கலைக் கழக அனுமதியைப் பெற்றுள்ளனர் என்பது குறிப்பிடத்தக்க சிறப்பம்சமாகும்.